A Kecskeméti Katona József Múzeum Képzőművészeti Gyűjteménye elsősorban 19–20. századi magyar alkotásokat őriz – e tekintetben az ország legrangosabb gyűjteményei közé tartozik –, mai szerzeményezési területe pedig a kortárs magyar képzőművészet.

A Néprajzi Gyűjtemény tárgyai elsősorban a 18–20. századi Kecskemét és vonzáskörzetének hagyományos parasztpolgári és pásztoréletének világát reprezentálják.

Napjainkra már közel 60000 muzeális értékű darabot őriz a gyűjtemény, közöttük az ősi eredetű csigacsont-játékok, egyszerű népi játékok, valamint a polgári világ míves kivitelű gyári játékai, a hazai iparművészet egyedi játékszerei, valamint a gyermekirodalom, a különböző játékgyűjtemények, és a bűvészet valódi könyvritkaságai is megtalálhatóak.

A kecskeméti Orvos- és Gyógyszerészettörténeti Gyűjtemény 1985. januárjában jött létre a Bács-Kiskun Megyei Gyógyszerészettörténeti Szakgyűjtemény és a Megyei Orvostörténeti Gyűjtemény egyesítésével és múzeumi átvételével. E két szakgyűjtemény létrehozását Lóránd Nándor gyógyszerész és Réthy Aladár laboratóriumi főorvos szakmatörténeti érdeklődésének köszönhetjük.

A Kecskeméti Katona József Múzeum Régészeti Gyűjteménye több, mint egy évszázados, folyamatosan és dinamikusan fejlődő szervezeti egysége az intézménynek. A közel 400.000 leltári egység egy része Kecskeméten, a múzeum főépületében, míg a 2012 után beleltározott tételek a 2019 folyamán átadott nagykőrösi raktárbázison találhatóak.

A Történeti Gyűjtemény 1964-ben vált külön a néprajzitól, mikor is négy új egység jött létre: a történeti tárgyi és a történeti dokumentáció gyűjtemény, valamint a történeti– és a múzeumtörténeti adattár. Ötödikként 1982-ben a történeti fényképgyűjteményt is létrehozták.